С 01 октября 2013 года изменился порядок возмещения НДС из бюджета.
Теперь возмещение (возврат, зачет налога) в порядке и сроки, установленные в статье 176 НК РФ, осуществляется только если заявление на возврат (зачет) было подано налогоплательщиком _до_ даты вынесения решения о возмещении.
Если такое заявление есть, то вам должны вернуть налог в течение 6 дней с даты вынесения решения (1 день на передачу поручения в УФК и 5 дней на перечисление средств).
Если такое заявление вы подать до вынесения решения не успели, то возврат (зачет) налога налоговая производит в обычном порядке (ст. 78 НК РФ).
Будьте внимательны при определении контрольных сроков проверки.
Статья 176 НК. РФ.
11.1. В случае, если заявление о зачете суммы налога в счет уплаты предстоящих платежей по налогу или иным федеральным налогам (о возврате суммы налога на указанный банковский счет), подлежащей возмещению по решению налогового органа, не представлено налогоплательщиком до дня вынесения решения о возмещении суммы налога (полностью или частично), зачет (возврат) суммы налога осуществляется в порядке и сроки, которые предусмотрены статьей 78 настоящего Кодекса.
При этом положения пунктов 7 - 11 настоящей статьи не применяются.